La Puglia è stata sin dall'antichità teatro di dominazioni ed abbandono , inoltre i resti archeologici ci testimoniano una preistoria lontanissima nei millenni. Importantissimo è stato il ritrovamento di reperti preistorici quali dolmen, menhir e specchie prevalentemente nella penisola salentina in vicinanza dei paesi di Giurdignano, Palmariggi e Muro Leccese risalenti al XII e XI secolo a.c. Altri reperti risalenti al Paleolitico Medio sono stai ritrovati a San Severo nella grotta di Santa Croce e nella grotta Romanelli vicino Santa Maria di Leuca. Tracce invece risalenti al Paleolitico superiore sono state rinvenute nella grotta di Uluzzo (Lecce), mentre testimonianze del Mesolitico e del Neolitico nelle grotte del Cavallo e della Zinzulusa Nei tempi storici la Puglia fu occupata da popolazioni illiriche (Iapigi, Dauni, Peucezi, Messapi) e da colonie greche, tra le quali grandissima importanza ebbe la dorica Taranto.

Successivamente durante il IV secolo d.c. i Romani invasero la regione e vi fondarono diverse colonie, come Luceria (Lucera), Venusia (Venosa) e Brundisium. (Brindisi) che era il termine della Via Appia, che congiungeva la Puglia a Roma, insieme alla Via Traiana.

In questo periodo la regione ebbe un notevole sviluppo sotto l'aspetto economico grazie e soprattutto alla sua ottima posizione geografica che permetteva di raggiungere facilmente le terre d'Oriente. Con la caduta dell'Impero Romano la regione conobbe devastazioni infinite, ad opera dei Bizantini, Longobardi e Franchi, e Saraceni poi intorno al 1050 giunsero i normanni guidati da Guglielmo Altavilla a cui successe Roberto il Guiscardo che conquisto Bari nel 1071.

Il passaggio dal dominio bizantino a quello normanno aveva causato un arresto nel processo di espansione che riprese solo alla morte di Roberto nel 1085; con l'incremento i rapporti con città come Amalfi, Venezia, Ragusa, le coste slave, greche e l'Oriente e continuò anche con Ruggero II e Guglielmo II. Dopo la sua morte si estinse in Puglia la dinastia normanna e subentrò attraverso il ramo femminile la casa Sveva con Enrico VI , figlio del celebrato Federico Barbarossa che si sposò con Costanza figlia di Guglielmo II.

Intono al 1220 si ebbe l'assunzione di potere da parte di Federico II che contribuì in maniera considerevole allo sviluppo economico della regione con l'istituzioni di fiere , fondando e restaurando città e assicurando la pace interna con una severa amministrazione. Tutta la regione è ancora piena di ricordi monumentali di Federico e di suo figlio Manfredi come le cattedrali di Bari , Bitonto e Trani ed i castelli (Bari - Trani - Monte Sant'Angelo) il più importante dei quali è sicuramente Caste del Monte.

Dal 1264 al 1435 la Puglia subì la dominazione angioina ed ebbe una pesante diminuzione dei commerci , situazione che andò peggiorando ancora di più sotto gli Aragonesi (1442-1503) che intensificarono il processo di feudalizzazione, del disordine giudiziario e amministrativo, e della perdita della sicurezza privata della regione , a sua volta flagellata dalle continue scorrerie dei Turchi.

Nel 1500 con il trattato segreto di Granada tra Luigi XII di Francia e Ferdinando il Cattolico di Spagna si assegnò al secondo la Puglia; scoppiò la nuova guerra tra Francesi e Spagnoli in Puglia, saccheggiata dalle truppe dei primi e durante l'assedio francese di Barletta ebbe luogo nel 1503 il noto episodio della disfida di Barletta. Durante il dominio spagnolo che resistette circa 200 anni , furono edificate sulle coste pugliesi una catena di torri di avvistamento e di difesa , ancora visibili specialmente sulle coste salentine, e furono chiusi gli ingressi di diversi porti come quello di Brindisi per evitare che potessero usati o conquistati dai Turchi.

La Puglia sprofondò in una pesante crisi economica che fu notevolmente aggravata da calamità naturali, come la peste del 1656, che colpì particolarmente la Terra di Bari. Gli aspetti positivi della dominazione spagnola furono il moltiplicarsi di istituzioni benefiche ed assistenziali, come ospedali ed ospizi di mendicità, il sorgere di accademie culturali e la fioritura di un'arte barocca che ebbe a Lecce e nel salento le sue più ricche espressioni.

Il XVIII secolo si apre con l'invasione spagnola che subentra al dominio spagnolo e che durò fino al 1738 quando con la pace di Vienna la regione fu assegnata a Carlo di Borbone. In regione furono eseguiti interventi statali di notevole spessore come il rifacimento di strada e porti, la costruzione di edifici pubblici, il censimento dei beni ecclesiastici e la loro tassazione, i tentativi di bonifica e colonizzazione del Tavoliere, la rivendicazione da parte dei Comuni delle terre usurpate dai feudatari.

A quel tempo le vicende del periodo napoleonico ebbero effetti anche in Puglia con l'introduzione di numerose riforme di ispirazione francese fino a quando il congresso di Vienna (1813) decretò il ritorno della Puglia a Ferdinando IV di Borbone, che assunse il nome di Ferdinando I re delle Due Sicilie. Con la caduta dei Borboni la Puglia fu annessa al regno d'Italia (1860) e fu divisa nelle province di Bari, Foggia e Lecce, corrispondenti alle antiche denominazioni storiche di Terra di Bari, Capitanata e Terra d'Otranto. A queste si sono aggiunte, più tardi, anche Taranto e Brindisi.